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oaDOI : un DOI qui pointe vers la version en accès libre de la ressource

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oadoi-logo Un blog du billet de Carnet’IST présente le oaDOI. « Cet outil, grâce à un simple copier-coller du DOI d’un document, va à la recherche d’une éventuelle version en accès libre. Un lien oaDOI.org est en quelque sorte une alternative au résolveur doi.org afin d’éviter à l’utilisateur de se retrouver devant une version payante du document qu’il cherche alors qu’il en existe une version en Open Access. Le fonctionnement d’oaDOI pour sa recherche repose principalement sur le DOAJ, BASE et les informations retournées par CrossRef (voir toutes les sources présentées ici). »

Un exemple est donnée sur la page oadoi.about

Pour l’utiliser, il suffit de copier coller son doi sur le site https://oadoi.org/. Une API* est disponible et a déjà été implémentée dans Zotero, dans un package R et pour un widget LibGuides, (lire le billet de Odile contat cité dans les sources).

sources :

* note l’API ou Application Programming Interface est un ensemble normalisé de classes, de méthodes ou de fonctions qui sert de façade par laquelle un logiciel offre des services à d’autres logiciels (source wikipedia).

Crossref va permettre d’associer des DOI spécifiques aux préprints

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A partir du mois d’août 2016, Crossref  va modifier sa politique d’enregistrement des documents auprès de ses membre et va permettre d’assigner des Digital Object Identifiers (DOIs) à des « duplicative works. »  La nouvelle politique signifie que les préprints auront des  DOIs séparés des versions ultérieures et pourront être enregistrés auprès de Crossref. Les différentes versions seront ensuite reliées.

L’article rappelle que « Preprint » est un terme qui a différentes significations mais celle retenue par Crossref est :  « un contenu original qui a pour objectif d’être publié dans une publication classique, incluant un contenu qui a déjà été soumis, mais pas encore accepté pour publication ».(original content which is intended for formal publication, including content that has been submitted, but has not yet been accepted for publication).

Source : Crossref To Accept Preprints In Change To Long-standing Policy. http://www.science20.com/news_articles/crossref_to_accept_preprints_in_change_to_longstanding_policy-171985. Accedé le 6 mai 2016.

Nouveau DOI pour les données ARGO : avec Seanoe, une nouvelle façon de citer des données dynamiques

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 Texte de Frederic Merceur (email Frederic.Merceur@ifremer.fr)  (Ifremer) diffusé sur la liste Renater Acces ouvert le 20 avril 2016 et reproduit avec son aimable autorisation.

Les DOI attribués aux données publiés dans Seanoe (http://www.seanoe.org) permettent de fiabiliser les citations, de simplifier l’accès aux données et de permettre la traçabilité de leur utilisation.

Les données publiées par SEANOE sont accessibles gratuitement. Elles peuvent être réutilisées et contribuer ainsi à une progression plus rapide de la science. Si elles sont citées dans une publication scientifique, un lecteur peut également les rejouer pour vérifier un résultat. La publication et la citation des données dans une publication peuvent donc augmenter la crédibilité de l’étude.

Si les données évoluent dans le temps, plusieurs solutions permettent d’assurer la reproductibilité d’une expérience. Pour les données Argo, une image (snapshot) de l’ensemble des données est figée et conservée tous les mois.

Dans une première version, un DOI principal avait été attribué au jeu de données Argo et des DOI spécifiques avaient été attribués à chaque snapshot mensuel.

Pour se rapprocher des nouvelles recommandations[1] de la Research Data Alliance (RDA), un nouveau DOI unique vient d’être attribué par Seanoe aux données ARGO. Ce DOI unique permet de citer le jeu de données global ou un snaphot spécifique à l’aide du même DOI. Dans cette perspective, chaque snapshot est uploadé dans Seanoe qui lui attribue une URL et une clé. La clé 42350 a par exemple été attribuée au snapshot du 2016-02-08.

La citation du jeu de données global s’effectue en citant le nouveau DOI sans paramètre :

Argo (2000). Argo float data and metadata from Global Data Assembly Centre (Argo GDAC). Seanoe.http://doi.org/10.17882/42182

La citation d’un snapshot spécifique se fait en ajoutant sa clé précédée du caractère # au DOI :

Argo (2016). Argo float data and metadata from Global Data Assembly Centre (Argo GDAC) – Snapshot of Argo GDAC of February, 8th 2016. Seanoe. http://doi.org/10.17882/42182#42350

senaoe

Ce nouveau DOI Argo unique permettra notamment un repérage plus simple des publications qui le citent. Le calcul de statistiques d’utilisation sera également facilité.

Cette solution pour publier les données ARGO dans Seanoe peut-être mise en œuvre pour n’importe quel type de données marines évolutives.

[1] Data Citation of Evolving Data – Research Data Alliance. https://rd-alliance.org/system/files/documents/RDA-DC-Recommendations_151020.pdf

Altmetrics : une nouvelle version de ImpactStory

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Impactstory est une organisation sans but lucratif qui aide les scientifiques à savoir où leurs recherches sont citées, partagées et bien plus.

Une nouvelle version a été mise en ligne le 8 avril 2016. Impacstory partage maintenant ses indicateurs en trois : le Buzz , l’engagement et l’ouverture en accès libre (openness). Le repérage de notifications par email  « nouvelle génération » est renforcé. Des fonctionnalités qui étaient très peu utilisées ont été supprimées. Enfin, il n’y a plus de métriques sur les citations.

Pour créer un compte impactstory, il faut absolument  posséder un identifiant Orcid avec les publications mises à jour dans votre profil car Impactstory vous demandera de vous identifier avec ce système. Seuls les documents avec des DOIs seront pris en compte.

Voici un exemple de la nouvelle interface avec mon compte Orcid https://www.impactstory.org/u/0000-0003-0211-4549/: impactstory-achivement

sources :

GitHub pour les scientifiques : une bonne ou mauvaise manière ouverte d’héberger et de partager les connaissances ?

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Sources :

L’article  » GitHub for Academics: the open-source way to host, create and curate knowledge   » montre l’intérêt de Github Pour des utilisations académiques alors que ce site n’a pas été créé initialement pour cela.
Présentation : GitHub (exploité sous le nom de GitHub, Inc.) est un service web d’hébergement et de gestion de développement de logiciels, utilisant le logiciel de gestion de versionsGit. Ce site est développé en Ruby on Rails et Erlang par Chris Wanstrath, PJ Hyett et Tom Preston-Werner. GitHub propose des comptes professionnels payants, ainsi que des comptes gratuits pour les projets de logiciels libres  (source wikipedia).
Github a été créé pour héberger du code informatique et a été pensé pour la collaboration. Tout projet avec une licence ouverte peut être hébergé gratuitement. Un système de « fork » permet de créer automatiquement son propre projet sous licence libre à partir d’un projet licence libre existant.
Github n’est pas uniquement une plateforme d’hébergement et de partage de code informatique, mais peut aussi être utilisé comme plateforme de diffusion de contenu de type site web, de wiki, de travail d’évaluation de Système de gestion de laboratoire etc . Tout type de document peut être intégré dans Github y compris les documents texte.
Des développements récents sont très intéressants pour la communauté scientifique. Il est possible d’archiver automatiquement son GitHub Repository (l’élément de base de GitHub, ) de rendre le code citable, dans Zenodo (un entrepôt de données) et d’obtenir un DOI pour être cité.  Ce service a déjà été utilisé plus de 3000 fois.
Github un des outils principal pour faire de la science de manière ouverte et collaborative comporte aussi quelques limitations : il n’est directement lié aux institutions qui n’ont aucun contrôle sur l’outil et n’est peut être pas si simple à prendre en main (voir : Limitations of Github for writers), même si de nombreux guides existent. Il serait intéressant d’avoir un étude comparative des différents outils similaires.
 Il est  important de préciser qu’à l’INRA :
  1. il existe  un service interne pour obtenir un DOI en particulier pour des données,
  2.  concernant Github en tant que forge logiciels, une réflexion est lancée sur la mise en service d’une forge INRA nationale qui garantira la propriété intellectuelle et la pérennité des logiciels,
  3. pour ce qui concerne l’hébergement des données, le chantier interne partage de la donnée a vocation à proposer des solutions de stockage et d’échange des données.

actualisation du 2 juin 2017 :

Préconisation INRA pour l’utilisation d’une forge logicielle

Le document d’orientation #INRA2025 nous implique dans une science ouverte, reproductible et interdisciplinaire, qui s’appuiera sur les avancées technologiques du numérique. Cette préconisation est décrite de façon voulue simple dans la note suivante : INRA-UtiliserForge

Identifiants des documents numériques

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Dans un document « didactique et par conséquence parfois simplificateur » Jean-Luc Archimbaud (CNRS, Cellule MathDoc) présente les identifiants actuellement les plus utilisés pour les documents numériques : ISBN, ISSN, URL, DOI, OpenURL, OAI, ARK, URI (plus quelques identifiants spécifiques : identifiant HAL, PPN, numéro OCLC, PMID, CODEN…).

Pour les principaux il note leur capacité à répondre à 6 fonctionnalités attendues d’un identifiant :

  1. L’identifiant ne désigne qu’une seule ressource documentaire ;
  2. Tous les types de ressources documentaires sont identifiables ;
  3. Toute ressource documentaire peut obtenir un identifiant par une méthode universelle, utilisable partout dans le monde et par tous, à coût nul ou très minime ;
  4. L’accès à la ressource documentaire via l’identifiant est rapide, même pour un utilisateur sans connaissance technique du domaine de la documentation ;
  5. L’identification est pérenne ;
  6. Une ressource documentaire a un et un seul identifiant

Référence : Jean-Luc Archimbaud. Identifiants des documents numériques : ISBN, ISSN, URL, DOI, OpenURL…. 16 pages. 2014. <sic_01068135>

Bilbo, un outil d’annotation automatique des références citées dans Revues.org

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La plateforme Revues.org est un site de revues en accès libre principalement en SHS, fonctionnant selon le modèle Freemium. Elle fait partie des plateformes de diffusion du  OpenEdition.org.

Open Edition a annoncé la mise en place de Bilbo [2], un  outil d’annotation automatique des références bibliographiques,  dans le cadre du programme de recherche et développement « Robust and Language Independent Machine Learning Approaches for Automatic Annotation of Bibliographical References in DH Books, Articles and Blogs ».

Extrait de [1] : Initié en 2011 suite à l’obtention d’un Google Grant for Digital Humanities, ce programme a été mené par les équipes du LIA (université d’Avignon) puis du LSIS (Aix-Marseille université – CNRS) et du Cléo sous la direction de Patrice Bellot et Marin Dacos.  Il porte sur l’ensemble des références bibliographiques présentes sur les quatre plateformes : Revues.org, Calenda, Hypothèses et OpenEdition Books. Il doit permettre de développer des fonctionnalités avancées de cross-linking (références croisées) entre les contenus d’OpenEdition et vers les contenus extérieurs.

Bilbo permet par exemple de rajouter des DOI aux références des articles de Revues.org (voir ci-dessous).

Sources :

Le Digital object identifier (DOI) devient une norme ISO

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Le DOI,  pour Digital Object Identifier, permet d’attribuer un identifiant unique  et pérenne à chaque objet numérique présent sur le web.  Il est principalement utilisé par les éditeurs scientifiques et les créateurs de contenu commerciaux. Cependant n’importe quel créateur de contenu peut demander des DOi auprès d’une agence  agréée. 60 millions de DOI ont été attribués depuis 1998.

Le résumé de la norme ( je n’ai pas lu le texte intégral car c’est un document payant) contient les informations suivantes :

L’ISO 26324:2012 spécifie la syntaxe, la description et les composantes fonctionnelles de résolution du système d’identifiant numérique d’objet et les principes généraux de la création, de l’enregistrement et de l’administration des noms DOI …

L’ISO 26324:2012 définit la syntaxe d’un nom DOI, servant à l’identification d’un objet de toute forme matérielle (numérique ou physique) ou d’une abstraction (comme une oeuvre textuelle) lorsqu’il existe un besoin fonctionnel de le distinguer d’autres objets.

Les DOI sont très utilisés pour la gestion des informations bibliographiques des documents scientifiques, mais sont potentiellement très utiles pour la gestion des datasets, ensemble de données que les chercheurs souhaiteraient mieux gérer et partager, dans le cadre du mouvement de l’open data par exemple. La norme ISO permet de pérenniser le système DOI.

Accès à la présentation de la norme. ISO 26324:2012 – Information et documentation — Système d’identifiant numérique d’objets : http://www.iso.org/iso/fr/catalogue_detail?csnumber=43506

voir aussi : l’International Doi Foundation : http://www.doi.org. et le site de CrossRef http://www.crossref.org/ qui attribue des DOi aux éditeurs.