J’ai quelques questions concernant le dépôt des pré-prints dans l’archive ouverte bioRxiv (https://www.biorxiv.org/).
D’après ce que j’ai pu comprendre, bioRxiv est gérée par le Cold Spring Harbor Laboratory, est ouverte à tous, permet le dépôt libre et gratuit de tout article avant soumission, ou lors de la soumission à une revue scientifique (mais obligatoirement avant acceptation par une revue), affiche la date de publication en ligne sur bioRxiv, puis, lorsque l’article est définitivement accepté dans une revue, affiche les références de publication définitive dans cette revue.
Pourriez-vous me dire :
- Quels sont les avantages et inconvénients du dépôt dans bioRxiv (ou Arxiv pour les maths ou SociArXiv pour les SHS) ?
- Sur la page https://www.biorxiv.org/about-biorxiv ils indiquent que la quasi-totalité des journaux scientifiques acceptent que les articles qui leur sont soumis, soient d’abord publiés sur bioRxiv, sauf quelques exceptions qui sont indiquées sur ce site Wikipedia :
List of academic journals by preprint policy (https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_academic_journals_by_preprint_policy)
Journals incompatible with the use of preprints prior to publication :
- New England Journal of Medicine
- Journal of Biology of the Cell
- Molecular Biotechnology
- The JAMA Network
Savez-vous si c’est bien le cas ?
- Est-ce que l’Inra a une position officielle à ce sujet et est-ce qu’il incite les scientifiques Inra à déposer dans bioRxiv?
- Est-ce que cette pratique est répandue (ou commence à se répandre) au sein de l’Inra ?
La diffusion des articles scientifiques avant leur publication formelle sur des serveurs de prépublication (ou preprints) comme par exemple bioRxiv est une tendance qui se développe en Biologie, alors que dans d’autres disciplines comme la Physique, c’est la règle depuis des années.
Avantages :
- les preprints sont disponibles beaucoup plus rapidement,
- ils peuvent être cités ou commentés immédiatement par une communauté élargie de lecteurs, sans avoir à attendre le long processus de révision des revues scientifiques traditionnelles,
- les preprints permettent la diffusion de résultats scientifiques en accès libre vers le monde entier,
- la publication d’un preprint établit l’antériorité d’une découverte importante,
- les auteurs conservent leurs droits et choisissent la licence de distribution (CC-By / CC-BY-NC /…),
- la visibilité des travaux de recherche est augmentée (Twitter, Facebook, blog…),
- bonne indexation des preprints dans les bases (Google, Google Scholar, CrossRef…),
- lorsque le preprint devient un article publié, bioRxiv fait ensuite le lien vers cet article, ex.: https://www.bioRxiv.org/content/early/2017/09/13/188235).
Inconvénients :
- certaines revues n’acceptent pas les articles qui ont été soumis auparavant à un serveur de preprints. Cependant, les revues mettent à jour leurs politiques en raison de la popularité croissante de ces prépublications,
- défaut de prise en compte du preprint par les instances d’évaluation des chercheurs,
- pas d’indexation dans le Web of Science.
Certains journaux refusent de publier des articles déjà parus sous forme de preprints :
ceci est à vérifier sur le siteWikipedia ainsi que sur le site Sherpa Romeo ou encore sur le site de l’éditeur du journal.
Dans la «Charte pour le libre accès aux publications et aux données», l’Inra affirme sa position en spécifiant que «les scientifiques sont fortement encouragés à déposer leurs publications dans ProdInra et à choisir des supports de publication ouverts, c’est-à-dire sans cession de droit exclusive aux éditeurs et garantissant un accès gratuit aux textes».
D’autre part, l’alliance Allenvi dont l’Inra est l’un des 12 membres fondateurs, encourage la publication de preprints.
Dans un texte d’octobre 2017, l’alliance Allenvi déclare reconnaître le preprint comme une forme recevable de communication scientifique. Elle invite les instances d’évaluation et de financement de la recherche à adopter une politique similaire et à reconnaître les preprints comme des contributions au progrès scientifique.
http://2025.inra.fr/openscience/Billets/Declaration-commune-Avisean-et-Allenvi-sur-les-preprint
https://www.allenvi.fr/actualites/2017/preprints-communication-scientifique-recevable
Depuis 2016, on constate une augmentation de cette pratique à l’Inra : on trouve sur le site de BiorXiv 366 prépublications avec au moins une affiliation Inra : https://www.biorxiv.org/search/inra
Complément de réponse sur les serveurs de preprints en biologie :
Le site ASAPbio (Accelerating Science and Publication in biology) fait une comparaison de différents serveurs de preprints en biologie : http://asapbio.org/resources/different-models
D’autre part, le site Prepubmed établit des statistiques qui montrent l’explosion du nombre de dépots de preprints en biologie ces derniers mois et la domination du serveur BioRxiv.
Pour compléter la réponse, nous vous invitons à visionner la conférence de Thierry Galli (Aviesan / Inserm) lors des journées Science Ouverte Couperin de janvier 2018 : https://webcast.in2p3.fr/video/biologie-jso-2018 et le pdf de la presentation : https://jso2018.sciencesconf.org/data/pages/JSO2018_TGalli_ASAPbio.pdf
